เมื่อร่างยุทธศาสตร์ชาติฉบับ คสช. หรือ 'ยุทธศาสตร์คสช.' ผ่านความเห็นชอบจากสภานิติบัญญัติแห่งชาติ (สนช.) นายกรัฐมนตรีมีหน้าที่นำร่างยุทธศาสตร์ขึ้นทูลเกล้าฯ เพื่อให้พระมหากษัตริย์ทรงมีพระบรมราชโองการการประกาศใช้ จากนั้น คณะกรรมการจัดทำยุทธศาสตร์ชาติต้องจัดทำแผ่นแม่บทขึ้นมาเป็นแผนสำหรับการทำงานของหน่วยงานรัฐ อีกทั้ง การเสนองบประมาณของรัฐบาลชุดต่อๆ ไปก็จะต้องสอดคล้องกับยุทธศาสตร์ชาติ และเมื่อคณะรัฐมนตรีชุดใหม่แถลงนโยบายตอนเข้ารับตำแหน่ง นโยบายก็ต้องสอดคล้องกับยุทธศาสตร์ชาติด้วย
เพื่อให้การบริหารราชการเป็นไปตามแผนยุทธศาสตร์ชาติที่ คสช. วางไว้ พ.ร.บ การจัดทํายุทธศาสตร์ชาติ พ.ศ. 2560 จึงกำหนดแนวทางการติดตาม ตรวจสอบ ลงโทษ ไว้ 3 แนวทาง ได้แก่
1) กรณีที่หน่วยงานของรัฐไม่ยอมปฏิบัติตามแผนยุทธศาสตร์ชาติหรือแผ่นแม่บท (มาตรา 26)
เมื่อหน่วยงานของรัฐไม่ปฏิบัติตามแผนยุทธศาสตร์ชาติหรือแผนแม่บท คณะกรรมการจัดทํายุทธศาสตร์ชาติมีหน้าที่แจ้งให้หน่วยงานของรัฐนั้นทราบพร้อมข้อเสนอแนะในการแก้ไขปรับปรุง หากหน่วยงานของรัฐไม่ดําเนินการแก้ไขปรับปรุง ให้คณะกรรมการจัดทํายุทธศาสตร์ชาติรายงานให้คณะกรรมการยุทธศาสตร์ชาติทราบเพื่อเสนอต่อคณะรัฐมนตรีให้สั่งการหน่วยงานรัฐให้ดำเนินการแก้ไข
เว้นแต่ เป็นกรณีของหน่วยงานของรัฐที่เป็นองค์กรในฝ่ายนิติบัญญัติ ฝ่ายตุลาการ หรือเป็นองค์กรอิสระหรือองค์กรอัยการ ให้แจ้งให้หัวหน้าหน่วยงานของรัฐขององค์กรดังกล่าวเพื่อพิจารณาดําเนินการตามหน้าที่และอํานาจต่อไป
2) กรณีหน่วยงานรัฐไม่ยอมแก้ไขปรับปรุงการทำงานให้เป็นไปตามแผนยุทธศาสตร์ชาติหรือแผ่นแม่บท หลัง ครม. ได้สั่งการให้แก้ไขไปแล้ว (มาตรา 25 และ 26 วรรค 3)
ในกรณีที่คณะกรรมการจัดทำยุทธศาสตร์ชาติ เห็นว่าหน่วยงานของรัฐไม่ปฏิบัติตามแผนยุทธศาสตร์ชาติหรือแผนแม่บท หรือในกรณีที่สภาผู้แทนราษฎร หรือวุฒิสภา พิจารณาว่ารายงานสรุปผลการดำเนินงานของหน่วยรัฐไม่ ปฏิบัติตามแผนยุทธศาสตร์ชาติหรือแผนแม่บท
ทั้ง คณะกรรมการจัดทำยุทธศาสตร์ชาติ และ สภาผู้แทนราษฎร หรือวุฒิสภา สามารถส่งเรื่องให้คณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติ (ป.ป.ช.) พิจารณาลงโทษหัวหน้าหน่วยงานของรัฐนั้น โดยการดำเนินการของ ป.ป.ช. ต้องแล้วเสร็จภายในหนึ่งปีนับแต่วันที่ได้รับเรื่อง และในกรณีที่ ป.ป.ช. มีมติว่าข้อกล่าวหามีมูล ให้ผู้บังคับบัญชาของผู้ถูกกล่าวหานั้นสั่งให้ผู้นั้นพักราชการหรือพักงาน หรือสั่งให้ออกจากราชการหรือออกจากงานไว้ก่อน หรือสั่งให้พ้นจากตําแหน่งต่อไป
3) กรณีที่ ครม. ไม่ดำเนินการหรือปฏิบัติตามตามแผนยุทธศาสตร์ชาติหรือแผ่นแม่บท (มาตรา 29)
ในกรณีที่หน่วยงานของรัฐทำงานไม่สอดคล้องกับยุทธศาสตร์ชาติหรือแผนแม่บท อันเป็นผลจากมติคณะรัฐมนตรี (ครม.) หรือเป็นการดําเนินการของ ครม. ให้คณะกรรมการจัดทํายุทธศาสตร์ชาติแจ้งให้คณะกรรมการยุทธศาสตร์ชาติและวุฒิสภา (ที่มาจากการแต่งตั้งโดยคสช.) ทราบ และให้วุฒิสภาเสนอเรื่องต่อศาลรัฐธรรมนูญเพื่อวินิจฉัย หากศาลรัฐธรรมนูญวินิจฉัยว่าเป็นการปฏิบัติหน้าที่โดยไม่ชอบด้วยกฎหมาย ให้คณะกรรมการจัดทํายุทธศาสตร์ชาติส่งเรื่องให้ ป.ป.ช. ดําเนินการ
ทั้งนี้ ให้ ป.ป.ช. พิจารณาและมีมติให้แล้วเสร็จภายใน 60 วัน แล้วส่งเรื่องให้ศาลฎีกาแผนกคดีอาญาของผู้ดํารงตําแหน่งทางการเมืองพิจารณาตามมาตรา 81 ของ พ.ร.ป.ว่าด้วยการป้องกันและปราบปรามการทุจริต หากศาลประทับรับฟ้องผู้ถูกฟ้องต้องต้องหยุดปฏิบัติหน้าที่ หากตัดสินว่าผิด ให้ ครม. พ้นไปจากหน้าที่ และถูกเพิกถอนสิทธิรับสมัครรับเลือกตั้ง หรือสิทธิเลือกตั้งไม่เกิน 10 ปี โดยผู้ที่ถูกเพิกถอนสิทธิเลือกตั้งจะไม่มีสิทธิดำรงตำแหน่งทางการเมืองอีกต่อไป นอกจากนี้ ครม. ยังอาจถูกฟ้องฐานทุจริตต่อหน้าที่มีโทษจำคุกตั้งแต่ 1-10 ปี ตามมาตรา 172 ของ พ.ร.ป.ว่าด้วยการป้องกันและปราบปรามการทุจริต ได้อีกด้วย
