จากคดีทางการเมืองที่ถูกส่งขึ้นศาลทหารอย่างน้อย 46 คดี มีจำเลยอย่างน้อย 5 คนที่ตัดสินใจยื่นคำร้องต่อศาลทหารกรุงเทพว่า ศาลทหารไม่มีอำนาจพิจารณาคดีของตน เพราะเป็นการละเมิดสิทธิเสรีภาพของประชาชนตามที่รัฐธรรมนูญ (ฉบับชั่วคราว) ได้รับรองไว้ จึงขอให้ศาลทหารกรุงเทพส่งเรื่องไปให้ศาลรัฐธรรมนูญวินิจฉัยว่า ประกาศ คสช. ฉบับที่ 37/2557 และ ฉบับที่ 38/2557 ขัดหรือแย้งกับรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย (ฉบับชั่วคราว) พุทธศักราช 2557 โดยเฉพาะมาตรา 4 หรือไม่ โดยคดีที่ยื่นคำร้องในลักษณะดังกล่าว มีดังนี้
ข้ออ้างในคำร้องของจำเลย
ข้ออ้างในคำแถลงคัดค้านของอัยการทหาร
คำวินิจฉัยของศาล
คำสั่งศาลทหารกรุงเทพในคดีของสมบัติ บุญงามอนงค์ พอสรุปสาระสำคัญได้ ดังนี้
ประกาศฉบับที่ 37/2557 และ 38/2557 ไม่ขัดต่อรัฐธรรมนูญรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย (ฉบับชั่วคราว) พุทธศักราช 2557 เพราะ มาตรา 47 วรรคหนึ่งได้บัญญัติรับรองอำนาจดังกล่าว ว่า “บรรดาประกาศและคำสั่งของคณะรักษาความสงบแห่งชาติ หรือคำสั่งของหัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติที่ได้ประกาศหรือสั่งในระหว่างวันที่ 22 พฤษภาคม พุทธศักราช 2557 จนถึงวันที่คณะรัฐมนตรีเข้ารับหน้าที่ตามรัฐธรรมนูญนี้ ไม่ว่าประกาศ หรือสั่งให้มีผลบังคับในทางรัฐธรรมนูญ ในทางนิติบัญญัติ ในทางบริหาร หรือในทางตุลาการ ให้ประกาศหรือคำสั่ง ตลอดจนการปฏิบัติตามประกาศหรือคำสั่งนั้น ไม่ว่าจะกระทำก่อนหรือหลังวันที่รัฐธรรมนูญนี้ใช้บังคับ เป็นประกาศหรือคำสั่ง หรือการปฏิบัติที่ชอบด้วยกฎหมายและชอบด้วยรัฐธรรมนูญและเป็นที่สุด และให้ประกาศหรือคำสั่งดังกล่าวที่ยังมีผลใช้บังคับอยู่ในวันก่อนวันประกาศใช้รัฐธรรมนูญนี้มีผลใช้บังคับต่อไปจนกว่าจะมีกฎหมาย กฎข้อบังคับมติคณะรัฐมนตรี หรือคำสั่ง แล้วแต่กรณี แก้ไขเพิ่มเติม หรือยกเลิก”
ศาลทหารในเวลาไม่ปกติมีอำนาจและความชอบธรรมในการพิจารณาพิพากษาคดี พระราชบัญญัติธรรมนูญศาลทหาร พ.ศ.2498 ได้บัญญัติว่า “ในเวลาไม่ปกติ คือ ในเวลาที่มีการรบ หรือสถานะสงคราม หรือได้ประกาศใช้กฎอัยการศึก ศาลทหารซึ่งมีอยู่แล้วในเวลาปกติ คงพิจารณาพิพากษาคดีอาญาได้ตามอำนาจ แต่ถ้าผู้มีอำนาจประกาศใช้กฎอัยการศึกได้ประกาศ หรือผู้บังคับบัญชาทหารสูงสุดได้สั่งตามกฎหมายว่าด้วยกฎอัยการศึกให้ศาลทหารมีอำนาจพิจารณาคดีอาญาใดๆ อีกก็ให้ศาลทหารพิจารณาพิพากษาคดีอาญาตามประกาศหรือคำสั่งนั้นได้ด้วย” ดังนั้น การที่หัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติ ได้ประกาศใช้กฎอัยการศึกทั่วราชอาณาจักร เป็นผลให้ศาลทหารที่มีอยู่แต่เดิม มีอำนาจพิจารณาพิพากษาคดี ตลอดจนผลคำพิพากษา หรือคำสั่งของศาลทหารในเวลาไม่ปกติ จึงเป็นไปตามหลักกฎหมายโดยชอบ
ตุลาการศาลทหารมีความเป็นอิสระ แม้ศาลทหารจะอยู่ในสังกัดกระทรวงกลาโหม แต่รัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหมก็เป็นเพียงผู้มีหน้าที่รับผิดชอบในงานทางธุรการของศาลทหารเท่านั้น ส่วนการพิจารณาคดี ตลอดถึงการที่จะมีคำสั่งหรือคำพิพากษาบังคับคดีนั้น เป็นดุลยพินิจของศาลทหารโดยเฉพาะ โดยตุลาการมีอิสระในการพิจารณาพิพากษาอรรถคดีในปรมาภิไธยพระมหากษัตริย์ให้เป็นไปด้วยความยุติธรรมตามรัฐธรรมนูญและกฎหมาย
ศาลทหารไม่มีอำนาจส่งเรื่องให้ศาลรัฐธรรมนูญวินิจฉัย รัฐธรรมนูญ (ฉบับชั่วคราว) ได้บัญญัติหลักเกณฑฺ์การส่งเรื่องให้ศาลรัฐธรรมนูญพิจารณาวินิจฉัยปัญหาว่า กฎหมายใดขัดหรือแย้งต่อรัฐธรรมนูญหรือไม่ โดยบัญญัติเฉพาะที่เกี่ยวกับการพิจารณาพิพากษาคดีของศาลฎีกาหรือศาลปกครองสูงสุดเท่านั้น ที่จะขอให้ศาลรัฐธรรมนูญชี้ขาดก็ได้ แต่ให้กระทำได้เฉพาะเมื่อมีมติประชุมใหญ่ศาลฎีกา หรือที่ประชุมใหญ่ศาลปกครองสูงสุดเท่านั้น เมื่อไม่มีบทบัญญัติที่เกี่ยวกับศาลทหารดังกล่าว ศาลทหารกรุงเทพจึงไม่อาจส่งเรื่องไปให้ศาลรัฐธรรมนูญชี้ขาดได้